1856年的秋天，天京城风云突变，乌云四起，天昏地暗，一阵阵血雨腥风，向建立不久的天朝，猛烈地袭来！
一场可怕的变乱，终于发生了！
９月１日午夜，夜深人静。当时在江西瑞州一带督师的韦昌辉，悄悄率领了3000多名兵丁,回到了天京城外。当天晚上，在城里行政长官陈承英的接应下，凌晨潜入城中，包围东王府，并占领了通往东王府的所有通道。
开刚蒙蒙亮，韦昌辉一手“举旗”，说是奉洪秀全的命令来除奸；一手“挥刀”，率兵血洗东王府。
东王府除守卫外，其余都是文官和妇女。当时，人们都在睡梦中，来不及组织反抗。
韦昌辉的死党，先杀门卫，后冲进东王卧室，手起刀落，杀了杨秀清。接着，见人就杀，一刀一个。不仅杀了杨秀清的妻妾儿女及亲属，甚至连侍候东王的大小官员，也没留下一个。这场屠杀，总共杀了4000人。
当时，住在东王府附近的老百姓，听见宫里传出来的惨叫声，走出来探望，也都惨遭杀害。
据亲临现场观看的外国人肯尼说：
“东王府，沿路尸骸横陈，踏血而过。”“东王
及其部下文武官吏，人民——男女老少——都在自己的血泊中躺着。有些被长矛刺死，没有一个人能逃命的。”“那天，全城处在最震惊的状态之中,多数人不知道怎么回事。”
韦昌辉还拿着杨秀清血淋淋的头，去找洪秀全。要洪秀全公布罪状，悬挂出来示众。
这是韦昌辉一手策划的天京变乱的开始！
当时守卫天京的卫戍部队，有三万多人，都是杨秀清的部属，他们归东殿尚书傅学贤统率。当他们听到东王被害的消息后，满腔愤怒，要为东王杨秀清报仇。
从9月3日起，由傅学贤指挥，向韦昌辉的乱军展开了激战。
开始，韦昌辉的部队人数少,力量单薄招架不住。但秦日纲的军队来支援后，两军转入了相持的状态，双方都有伤亡。
对这场自相残杀的变乱，洪秀全的态度是暧昧而又复杂的。韦昌辉清除杨秀清，原本符合他的愿望；但他不赞成韦昌辉那种凶残的做法。然而他没有直接指挥军队，他满以为傅学贤占有优势，能控制局势。没料到，秦日纲的参战，与韦昌辉成了变乱的联军。这时，他不能不管了。在9月中旬，在天王宫殿前，洪秀全宣布了韦昌辉的罪状，说他杀人太多，应该打
他400皮鞭，对秦日纲，也打400皮鞭。洪秀全本希望秦日纲悬崖勒马，改正错误，与韦昌辉一刀两断，今后还可以为天国立功。没料到，他没有摆脱韦昌辉的羁绊，反而与韦昌辉一起策划了一个更大的阴谋。
当他俩听说杨秀清的部属，可以去看韦昌辉受刑的消息后，事前设计了一个骇人听闻的圈套：在刑场内，他俩在挨鞭子，但刑场外,有5000多个杨秀清的部下，被诱骗解除了武装，关在两间大屋里。韦昌辉事先布置好的乱军，拥进大屋,把他们一一杀个干净。阴险毒辣的韦昌辉，采用卑鄙的手段，誓将杨秀清的部下斩尽杀绝。
一连3个月，韦昌辉掀起了一场血腥的屠杀。凡是吃过杨秀清的饭的妇女儿童，都被带到刑场砍头，连婴儿也不能幸免。
韦昌辉简直成了一条疯狗，杀人不霎眼。天京成了一个恐怖的世界，闹得腥风血雨，天地变色。
这场大屠杀，估计有4万人惨遭杀害。秦淮河，血流成河。无数的尸体，被丢进河内，滚滚流出天京城外??
这些死在韦昌辉屠刀下的中上层官员，大都是忠于太平天国运动的革命精英。他们无辜地被一个钻进来的野心家杀戮了。人们不禁要问：韦昌辉是怎样发迹的，他怎么敢杀杨秀清呢？
韦昌辉是太平天国创始人之一，在金田起义时是有过功劳的。但是，建都天京以后，他的所作所为，实在是可悲，可耻。
他在洪秀全面前，阿谀奉承，吹牛拍马，百般投其所好??
有一次，韦昌辉为了讨好洪秀全,到处贴布告说：“现在，天王坐天下，万国来朝贡。龙凤麒麟也都会来的，谁若收藏，不肯献出来，一定严办！”
当洪秀全、杨秀清和他一起，谈到库存的绸缎不多的时候，洪秀全说：
“我的衣袍足够穿，不用做了。”
“你是万国真主，富有四海，衣袍多，也该做新的呀！”
“衣袍不够，才要多做。既然够穿了，就不必做了。”杨秀清直言说。
“你虽爱君心诚，但却未尽到为臣之道。”韦昌辉令人恶心的拍马溜须，连洪秀全也感到怪不是滋味的。
但总的来说，洪秀全是喜欢别人歌功颂德的，尽管韦昌辉既无运筹帷幄的指挥才能,思想品质又不好，但他拍马有功，洪秀全很信任他，把他当作“心腹盟弟”。
可是，韦昌辉为人奸狠,纯属一个两面三刀的人。
一次，韦昌辉的哥哥与杨秀清的“妾兄”争住房。杨秀清交韦昌辉处理。韦昌辉为了讨好杨秀清，居然下毒手，杀死他的哥哥，并且五马分尸。
1854年4月，韦昌辉的部下张子朋因争船只，任意殴打水兵，激变水营。杨秀清赶到北王府，杖打韦昌辉。一个部下替韦昌辉忿懑不平，絮絮叨叨说了几句公道话，反遭到韦昌辉的呵责，说：“东王替天行道，处分是公平的，你有什么好怨恨的！”为了讨好杨秀清，他假装生气，把这个心腹爪牙给杀了。
韦昌辉的地位居于杨秀清之后，他屡次受到挫折和羞辱，心里对杨秀清恨得咬牙切齿。但他表面上却装得毕恭毕敬，有时，甚至跪在杨秀清面前，一口一个谢谢，说：
“都亏您教导很好，我原本什么也不懂！”“我们一班弟妹真好，有您的提携，才能成人！”韦昌辉笑里藏刀,嘴巴说得甜甜蜜蜜,骨子里却包藏了祸心。他希望有朝一日，能取代杨秀清。在这方面，他下了很大的功夫,付出了很高的代价。连满清政府的官员，也看出来了，说：“杨韦互相猜忌，似不久必有吞并的事情发生！”
韦昌辉一直在找机会下手。机会终于来了。8月15日，杨秀清宣布说：“秦日纲和陈承英要叛变。”陈承英听了，感到震惊和不安。他不能坐着等死，窥
伺时机，要和反对杨秀清的势力勾结起来。这时，韦昌辉率兵在江西，接连吃了几个败仗，连他的“黄轿乡伞”都被清兵夺走了。他一直躲在江西,不敢露面。
8月17日,就是杨秀清宣布秦日纲、陈承英叛变的后两天，韦昌辉正想潜回天京发难。他收到了陈承英的一封机密信件，就在回师路上，和秦日纲的部队会合。
这样，韦昌辉想乘机夺权；秦日纲和陈承英想摆脱险境，两股力量合在一起了。
在东王府韦昌辉掀起这场大屠杀的时候，他一手“举旗”，说是奉洪秀全的密诏来除奸的。因此，有人指责洪秀全“自毁长城”。
洪秀全真的下过密令吗？
从历史文献中，找不到密诏和有关证据。
但洪秀全想除掉杨秀清的想法是有的，否则，韦昌辉怎么胆敢在天王的眼皮子底下，大动干戈，毁掉“长城”呢？
要想解开这个谜，就得从建都后洪秀全和杨秀清的矛盾说起。
有些老百姓，常把太平天国革命，叫做“洪杨革命”。这两位主要的革命领袖之间的关系，在建都前后是很微妙、复杂的。
洪秀全是天命“真主”，宗教地位仅次于天父皇
上帝和天兄耶稣。杨秀清有“代天父传话”的特殊身份,又是太平天国军民共同信仰的一位“真神”。他的宗教地位，既低于洪秀全，又凌驾于洪秀全之上。
从政治地位来看，一个是“天王”，一个是“东王”，或叫“九千岁”。洪杨是君臣关系，重大的决策，都要由东王呈报天王批准后，才能执行。但这种君臣关系，并不是绝对的。当杨秀清假托天父下凡，附体传话的时候，他的权力最大，可以召天王来“东王府”，可以任意鞭打天王。他甚至可以假借天父的名义，掌握天国最高指挥权和决策权。
当时，有一位文人，曾戏谑地说：“东西王府，互相抗衡。真不知谁是君来，谁是臣啊！”
这种你领导我，我也领导你；你服从我，我也要服从你；君不像君，臣不像臣的复杂关系，正是洪秀全与杨秀清矛盾的根源。
洪杨的这种矛盾与冲突，在没有建都以前还不很尖锐，因为那时清朝这个大敌当前，迫使他们互相忍让和共同对敌。但在建都以后，洪秀全处处想建立洪氏天下，树立自己独尊的皇权时，矛盾就日益加深。
这方面有个典型事件：
1853年12月24日，这一天，杨秀清借替天父传话的名义，把洪秀全叫到东王府，于是演出了一场杖打天王的劝谏的戏剧。