此外，这个时候的耐色瑞尔帝国已经南北分裂，而南军还向东瀛派遣了一支干涉部队，给幕府添乱。
2.熊野滩海战
3月，奉命征讨长州的各路幕府军相继发动。多年未曾经历过大规模战事的江户幕府，将此次征伐长州之战，当成了新武器、新军制和新战术的试验场。
按照幕府方面制订的作战计划，德川家鸣将军预定会和幕府军预备队一起，坐镇大坂城“督战”。同时，幕府的首席老中三井银次自封为前线总指挥，于广岛设立大本营。总数多达十余万的诸藩联军被分作四路，从小仓、艺州、大岛、石州四个关口，对长州藩叛党同时发动全面攻击。
而拥有11艘战舰的幕府舰队，则作为第五路“奇兵”，护送商船运载7000幕府新军，预定走海路运动到长州藩的首府荻城登陆，执行蛙跳战术，在敌境腹地中心开花，一举捣毁叛军的抵抗意志和作战能力。
然而，这支舰队才抵达距离战场尚远的和歌山藩熊野滩锚地，就在夜间遭遇倒幕武装收买的海盗船袭击，经过一夜奋战，11艘幕府军舰相继沉没，运输陆军的商船队也在之后被逐一击沉——于是，这支预备在关键时刻投入平叛战场的杀手锏，上万名号称最为精锐的幕府海陆军战士，此刻却连长州藩的边境都还没有摸到，便在一次莫名其妙的偷袭之中，满头雾水地于熊野滩锚地先后葬身鱼腹。
在熊野滩海战结束之后不久，菲里的祥瑞号便抵达此地，并且救起了若干幸存者，将他们护送回江户。
同时，为了填补幕府舰队覆灭之后的海防空白，佩里提督率领远东舰队匆忙出征，与菲里擦肩而过。
3.长州藩拉锯战
从3月到5月，各路幕府军与长州叛军频繁交火，但由于幕府军的构成紊乱、内耗激烈，尽管拥有绝对的兵力优势，但仍然无法在战场上取得胜利。
比较公允地说，江户幕府此次大张旗鼓所策划的西征长州之战，根本就是一场由外行人拍板，窝囊废执行，阴谋家搅局，最后让所有人都只能啼笑皆非的仆街闹剧。
为了炫耀幕府的庞大实力，而勉强拼凑起来的五路浩荡大军，根本就是五帮彻头彻尾的大杂烩，并且在攻入长州藩境内之前，就已经被对手给抢先击溃了两路……而剩下的三路攻击部队，也被绯月宗一郎率领的长州叛军，在生野银山等地屡屡击破，被打得狼狈不堪。
再接下来，又爆发了北九州小仓藩兵败陷落、幕府西路军彻底瓦解、萨摩藩发布反战公告、朝廷示意两家休兵、京畿地区抢米骚动、西部诸藩普遍抵制征兵、幕府南路军内讧哗变……等一系列噩耗。
如此一来，对于江户幕府下发的征兵令，近畿和西国各藩均是疑虑重重，几乎是想尽了一切办法推委搪塞，惟恐被推上前线打头阵，消耗掉自家兵力。
因此，江户幕府一力推动的此次讨伐长州之战，非但没能和预想中的情况一样，通过一次干净利落的胜利，再次于全国范围内重新塑造起幕府的绝对权威，反倒是搬起石头砸了自己的脚，把自家光鲜外衣之下的种种沉疴痼疾，都毫无遮掩地暴露在了世人眼前……
但长州叛军的主要兵力，同样也被拖在了藩国境内的春田庄——这里被政变之前的旧藩主残党，一支贱民武装控制，长州叛军久攻不下。因此，在扫除这一心腹大患之前，是无力对外发动大规模反击的。
至此，征讨长州之战已经陷入僵局。
期间，菲里的巨熊军团和祥瑞号一直滞留江户，颇受殖民地当局和幕府的冷遇，进退两难。
4.马关之战
当幕府军在陆地上屡屡受挫之际，佩里提督率领的远东舰队，却在海上取得了重大突破。
6月份，在长洲藩的海防重镇马关要塞，佩里提督顺利歼灭了叛军舰队，并且发兵登陆。在捣毁了马关炮台之余，还进一步向内陆挺进。从而配合坚守春田庄的贱民武装，以及正面战线上的幕府军，顺利撕开了叛军的边境防线，一时间基本收复了长洲藩全境。
长州藩叛军残部被迫退入山区，依托地形继续与幕府军周旋，短时间内仍然难以肃清。
接下来，佩里提督又率领舰队扬帆南下，前去惩戒和炮击与长州藩叛党勾结的萨摩藩，并且给统治这个藩国的岛津家造成了惨重损失，鹿儿岛城下町几乎沦为废墟。
5.京都事变
7月，本次倒幕战争的最大幕后策划者，京都的仁孝天皇终于正式出手，通过设置在皇宫内的传送门，从千里之外突然调来了3000萨摩藩军队，配合京畿地区的佛寺僧兵，顺利掀起了夺取京都之战。
留驻京都的少量幕府机关，很快就被这支从天而降的奇兵打垮。但恰逢首席老中三井银次从长州藩前线带了一万多军队回来休整，结果正赶上京都大乱，于是立即投入镇压。
由于兵力上的差距，倒幕军很快陷入不利局面。在幕后支持天皇的龙巫教见状，只得仓促搭建了又一扇无防护措施的临时传送门，并且忽悠萨摩藩岛津怒志，带着全部20000萨摩军前来京都战场——在顺利击败幕府军之后，也让这些浑然不知的萨摩勇士，全都染上了无药可救的辐射病，只有几个月可以活了。
战后，一万多幕府新军彻底覆灭，首席老中三井银次只身逃入根据地大阪城，宣布无限期戒严，并且封锁了陆上对外交通。京畿地区的大小领主与寺院神社，无论内心想法如何，是否虚与委蛇，多半都各自派遣了使者，携带厚礼前往京都，向朝廷方面接洽输诚。
受到此次胜利的激励，各种乱七八糟名目的倒幕组织，在近畿地区仿佛雨后春笋一般迅速冒了出来，既让人看得眼花缭乱，也使得治安水平霎时间滑落到了崩溃的境地……无论是否得到过朝廷的承认，这些趾高气扬的“倒幕志士”，基本上都是在靠打家劫舍过日子，某些胆子特别大的，甚至敢勒索到诸侯头上。
——江户幕府对近畿及其以西地区的统治，在顷刻间土崩瓦解，长州叛军死灰复燃。
接下来，幕府的江户大本营，也发生了变故。
6.江户旗本武士骚乱
在9月的江户城内，因为阵亡军人的抚恤金被过手官吏们大肆贪污，每户人家3贯钱（3000文）硬是被克扣到了2文钱，于是激起了军人遗属的愤怒。而城内的旗本武士，又因为幕府军费开支浩大，被连续几个月拖欠发放俸禄，生活无以为继，也跟着一起闹腾了起来，气势汹汹地赶往将军城堡“恶意讨薪”，沿路烧杀劫掠、淫辱妇女，无恶不作，把江户城糟蹋得乌烟瘴气。
此时的首席老中三井银次尚在大阪，其女三井龙姬临危上阵，先是劝走了阵亡军人的家属，然后借用菲里的巨熊军团，对闹事的旗本武士发动了血腥镇压——幕府再也养不起这些脑后生反骨的白眼狼了。
在此处平乱过程之中，菲里也终于摆脱了冷板凳的待遇，成为了得到幕府财政支持的雇佣军，得以扩充兵力，补充军械弹药——而这一批军械弹药，竟然是龙巫教提供给倒幕军的援助，但无节操又鼠目寸光的京都公卿，却不肯把这些军火免费拨给各路“勤王义军”，而是高价卖给了敌对方江户幕府……
事后，幕府抓捕了六万多闹事的旗本武士，并且将他们一起贬为奴隶，出售南洋香料群岛的精灵种植园庄园主，引发武士阶层的极端愤慨。
7.皇族相残，奈良之战
另一方面，京都朝廷在驱逐了京畿地区的幕府势力之后，其内部迅速出现了分化。为仁孝天皇提供军械饷银的龙巫教，和作为朝廷传统支持者的佛寺势力之间，为了信仰之争，很快就爆发了全面冲突。
由于仁孝天皇为了获取更多的援军和资金、辎重，而佛寺方面却吝啬得一毛不拔，故而决定支持龙巫教和龙巫教背后的草原强权图坎汗国，因此佛寺势力在这一轮斗争之中失败。
为此，失势的和尚们愤而宣布否认京都朝廷的合法性，在佛教圣地奈良城抬出了天皇的亲身父亲，已经退位的丰仁院法皇，并且纠结了5000名僧兵，还有数量不明的武装信徒，试图与朝廷打擂台。
而仁孝天皇的反应，竟然是立即请求刚刚渡海而来的2000图坎骑兵，于DR1993年10月5日，星夜奔袭南方的奈良城，先是击破了各个崇佛诸侯在奈良外围的驻军，然后在作为内奸的光言宗僧侣的配合之下，顺利杀入市区，大肆屠戮，并且击杀了亲父丰仁院法皇和小皇子来良亲王。
之后，朝廷又下达灭佛令，发兵纵火焚烧另一处佛教圣地比睿山，杀死了已出家的兄长比良亲王。
对此，京畿民间传出歌谣讥讽道：“……仁孝陛下真仁孝，先闻子杀父，后闻弟杀兄！”——大致意思就是说，这位以仁慈和孝顺为名号的陛下，实在是非常的“仁慈”和“孝顺”啊！先是以儿子的身份杀了父亲，然后又以弟弟的身份杀了兄长……
通过这一场皇族相残，朝廷初步稳固住了内部，但却让作为根本之地的京畿周边，被图坎骑兵蹂躏得更凄惨了——图坎骑兵在东瀛列岛活动的每一天，都在竭力地大肆屠戮，杀人放火无恶不作，而京都的天皇和公卿们却坐视不理，甚至颇为赞赏……从而让这个名义上的“革命”政权，从最初就丢光了民心。
更糟糕的是，图坎骑兵的大规模屠杀，很快就造成了恐怖的大规模瘟疫，而东瀛列岛的医生，基本都是出自于佛寺，属于朝廷的头号消灭对象——因此疫病在战乱之中迅速蔓延，并且得不到任何控制。
在奈良城毁灭之际，前去联络谈判的耐色瑞尔帝国远东军的最高指挥官佩里提督阁下，也不幸于此役中殒命遇害，耐色瑞尔帝国远东当局顿时没了主心骨。
第一百三十六章 《永不言败的菲里·泰勒元帅和他的九场战争》（5）
8.江户城大火
就在图坎骑兵屠戮千年圣地奈良城之际，幕府次席老中酒井直政和水户藩主德川长乐，也都已经悄悄投靠了朝廷，并且在谋划着一场惊天动地的大阴谋——他们这些幕府内的旧武士门阀，尤其是德川将军家的旁支，原本就迫切地希望打倒如今窃取大权的大阪商团，夺回幕府名下的土地、产业等等。
如果能够借朝廷之手，摧毁大阪商团的势力，为武士的复权铺平道路，在这些幕府内的旧武士门阀看来，似乎是一件互利互惠的大好事——只是这些人似乎忘了，一旦幕府倒台，他们也就什么都不是了……
DR1993年10月5日，就在奈良之战爆发的同一天深夜，幕府的旧武士门阀在江户发动叛乱。
由于当时的情况极度混乱，而叛乱的主谋又在战争之中尽数死去，因此整场叛乱的筹备过程和实施计划已经不得而知。但可以确认的是，幕府此时的主要武装力量——江户町城管队和巨熊军团的许多上层人士都遭遇了刺杀，而将军的城堡则遭遇了围攻，“白痴殿下”德川家鸣被掳走。
叛党还在江户城内大肆放火，计划将这座百万人口的巨型都市付之一炬。就连刚刚在马兹卡大陆遭受重创的龙巫教，也派遣吸血鬼杀手在这场大乱之中掺了一脚，但似乎并未取得多少战果。
待到黎明时分，旧武士门阀的叛乱终于以失败而告终，但叛党首脑却乘上早已备好的船只逃出江户港，裹挟着幕府将军渡海西行，前去京都投奔朝廷了。