在这场规模空前的大火之中，江户整个城下町大约被烧掉了五分之四，港口和码头基本全毁，军政机关无一幸免。在贵戚云集的山之手台地，由于战斗更加激烈，简直是几乎片瓦无存。至于作为城市地标的十二层征夷大将军城堡……由于烈火引燃了地下弹药库，导致数十尺高的巨石地基一下子崩溃解体，上面的整座城堡都哗啦啦地垮了下来，变成了一堆无法分辨的废弃建材垃圾山……
至少三十万人死于这场空前浩劫，还有超过五十万市民流离失所——幕府的根基已经动摇了。
9.朝廷的三路东征
10月上旬，被叛党裹挟着逃到京都的本代江户幕府征夷大将军德川家鸣，在朝廷公卿的逼迫之下，以德川家家督的名义，向仁孝天皇辞官纳地，宣布解散幕府，交出一切幕府天领和德川家亲藩辖地，就此大政奉还……至此，江户幕府已经失去了法理上的存在依据。
而那些为了保住家族的领地和富贵，不惜毁家罹难背负骂名也要“投奔光明”的旧幕府武家门阀权贵，在被朝廷榨干了利用价值之后，就被一脚踢开，跌落成了仰人鼻息的高级囚犯。
接下来，仁孝天皇发出明旨，诏告天下，宣称朝廷即将要发动40万大军，沿着东海道、东山道和北陆道，分兵三路东征，务必使海内列岛尽归王化。
至此，倒幕战争进入到了最高潮的阶段。
但被朝廷花大代价请来的图坎骑兵，却在一番大抢大烧大杀之后，完全不理睬天皇诏令，径自离去，为接下来的战局蒙上了一层阴霾。
10.日光之灾
在江户之战结束后，一部分残余的“倒幕义士”，逃到了北方的历代将军的陵寝——日光东照宫，得到当地旗本武士的收留。
但这些叛军看到此地金银甚多，却立即起了贪念，翻脸恩将仇报。不仅杀死了收留他们的德川家旗本武士，抢掠了陈设的金银珠宝，盗掘了历代将军的陵墓，最后还放火焚烧了东照宫……让守将德川京介在悔恨不已之余，毅然引咎切腹自尽。
菲里率领的巨熊军团随后追击而至，但这些“倒幕义士”已经裹着金银珠宝卷堂大散，无法追踪了。
11.横滨事变
在江户城被火灾毁灭之后不久，距离江户不过咫尺之遥的横滨租界，也在各种因素之下发生了大暴乱——首先是菲里·泰勒将军根据法定军衔次序，和帝国驻东瀛公使泽娜女士联手合作，试图接管佩里提督遗留下来的耐色瑞尔帝国远东军残部，却遭到了远东军各级将校的极力抵制，双方一度闹到了火并的边缘。
然后，一支跟龙巫教和倒幕派勾结的耐色瑞尔帝国南军小部队，悄悄潜入了租界，并且试图偷窃佩里提督阁下遗留的浮空城——但由于这座浮空城尚未完工，而且窃贼之中也没有能够灵活操纵密瑟能核的大奥术师，结果就是让浮空城仿佛皮球一般在横滨市区里蹦来蹦去，把整座城市都碾压了一遍。
那些被浮空城直接压垮的房屋，自然是成了一堆渣子，而剩下的房屋，基本上也都在大地震之中成了废墟，当场死伤一万余人，全城一片狼藉……而窃贼们也在浮空城内被颠成了肉酱。
既江户城之后，这个岛国的又一座重要城市堕入了毁灭之路。
12.甲斐之战
在经历了日光和横滨两场惨祸之后，朝廷的三路东征军已经从西面逼近。焦头烂额的江户当局，在三井龙姬这位临时主事人的拍板之下，调动巨熊军团北上甲斐，首先对付从传送门里过来的中路军。
经过翻山越岭的艰苦跋涉，巨熊军团抵达甲斐盆地最东端的胜沼町，在此地击溃并招降了另一支被丢到这个国度添乱的耐色瑞尔帝国南方军。紧接着，在甲府城下，巨熊军团与城内守军里应外合，彻底击溃了正在围攻城堡的野武士浪人，基本消灭了朝廷最薄弱的中路军，赢得了在这个国度第一场真正的战役。
13.东军反击
DR1993年10月末，为了在幕府崩溃之后，取得继续与京都对抗的大义名分，江户地区的财阀势力领袖，三井龙姬大小姐决定改换名号，在镰仓扶立原本蜗居于江户城下町的旧南朝熊野天皇登基复位，从此形成东西两个朝廷对抗的局面。菲里的巨熊军团，也趁机吞并远东军残部，扩充到15000人的规模。
而关东地区的旧幕府军，也顺势改编为东朝廷官军，简称东军，挂上了十六瓣菊花的皇室徽章军旗。然后，数万东军便开始沿着东海道向西挺进，预备迎击西朝廷的东征军（简称西军）。
14.冈崎之战
此时，担任朝廷南路军先锋的“赤报组”总长相乐总三，自从离京以来一直势如破竹，眼下已经率部攻克了三河国的首府冈崎城，并且开始向附近地区拓展势力。
但是，在京都朝廷出尔反尔，强迫整个幕府上下臣僚官吏一律辞官纳地之后，那些原本作战不甚积极，甚至偶尔暗中帮助倒幕军的旧幕府旗本武士，也全都转变了态度。为了保全自家的领地和房屋，拼了性命跟朝廷的东征军死战不休——在自我感觉过好的仁孝天皇的无差别高压暴政之下，原本已经分崩离析、离心离德的关东武士和大阪财阀，反倒是又一次被逼迫得团结起来了。
而赤报组毕竟只有数百兵马，一时间无力继续挺进，只得向后方求援。
然而，作为使者被派来巡视前线的公卿，却对“赤报组”的浴血奋战视而不见，张口就是罗织了一堆罪名，然后大肆勒索贿赂，一时间激起全军义愤，把这个家伙给打了出去。
之后，“赤报组”总长相乐总三离开冈崎城，向驻跸名古屋的朝廷东征军主帅，东海道总督藤原梅竹述职。谁知脑子缺根弦的藤原梅竹，听信了先前那位使者的谗言，不由分说就把这位功臣推出去斩首处决。
然后，这位依靠跟仁孝天皇上床搞基才得以晋级的总督大人，又派了几个衣着光鲜的使者，拿竹竿挑着相乐总三那颗死不瞑目的脑袋，一路敲锣打鼓地走到冈崎城下示威恐吓，唯恐旁人不晓得己方爆发内讧。最后，这些使者还很白痴地口出狂言，命令冈崎城里面那些‘伪称义军的逆贼’自觉解除武装，出来投案自首、引颈就戮，却连一张只究首恶、不究余党的赦免令都没想过要准备……从而硬生生毁掉了大好局面。
于是，驻守城中的赤报组立即叛乱，射死了使者之后便开始据城死守，藤原梅竹闻讯大怒，挥师七万猛攻冈崎城内的自家先锋——东军尚未抵达战场，西军就在前线展开了自相残杀。而且先是极不光彩的诱杀，接着还是无比脑残的强行逼反，更扑街的是一直到最后也没能把冈崎城给打下来……
在七万大军的猛攻下坚守数日，赤报组渐渐无力支撑，只得命人潜出城堡，向东军投诚求援。
15.富士见合战
在收到冈崎城赤报组的求援之后，由于祥瑞号尚在维修，所以菲里只得临时收集了十艘商船和四艘快速巡航舰，运载了约1000军队，仓促向东进发。在滨松港上岸登陆之后，菲里便率军直扑冈崎战场。
依靠当地在乡武士提供的情报，朝廷的官军主力正在冈崎城下连日猛攻，而朝廷东征军主帅，东海道总督藤原梅竹大人贪图享受，却在距离大军甚远的温泉小镇“富士见”住宿，据说防御巡逻搞得甚是懈怠。
于是，菲里便让还在晕船的大部队就地休息，自己带了一队卓尔精灵女战士，连夜赶路数十里，悄悄摸到那座“富士见”小镇的郊外，对镇内发射了一排火箭弹，引发了一场熊熊大火……然后就收兵回营休息，预备明日开战——在他看来，这不过是正式交战之前，一次比较成功的骚扰而已。
然而，这场具有历史决定性意义的富士见合战，到这里其实却已经虎头蛇尾地结束了。
——菲里这一次夜间骚扰的结果，实在是好得过了头：藤原梅竹被吓得丢下军队，亲自赶着牛车冲出镇子，冒着陷坑翻车的危险，在没有照明的乡下土路上，黑灯瞎火地狂奔三十余里，甚至活活把拉车的健牛给跑死，终于在次日早晨赶到了冈崎城下的主力部队之中。
接着，他才喘了一口气，匆匆补充了一些干粮盘缠之后，甚至连午饭都没吃，就又一次开始带队长跑，继续向西一路狂奔，据说要一直跑到京都才罢休！
而看到总帅大人一溜烟跑了个干净，底下被抛弃的七万官军顿时一片大哗，再也没有“忠君报国”的心思。原本打算就此散伙回家，谁知却爆发了大瘟疫，短短的六七天里，七万西军就有近万人遭瘟病倒，并且新的患者还在以几何级数迅速递增……最后，为了求得西洋医药的治疗，这些人只得向菲里倒戈投诚。
至此，东军仅仅放了一排火箭弹，没有损失一兵一卒，便解了冈崎之围，并且收服了数万兵马，尽管这支瘟疫蔓延的军队实在是百无一用——按照菲里在日记里的说法，“……这样的病汉大军，活着污染空气，死了污染土地，半死不活的污染其他人。收编他们用在战场上根本就是自己找罪受，而且还走到哪里就把瘟疫带到哪里，偏偏又堵在了继续向西进军的道路上，没办法置之不理……”
16.京畿攻略
富士见合战之后，京都朝廷的三路大军已经败亡了两路，而东军还在沿着东海道向京都推进，从巅峰跌至谷底的仁孝天皇，一时间大为惊恐，下令召回萨摩藩的两万北路军，让岛津怒志藩主回来保卫京都。
此时，岛津怒志刚刚在越前国敦贺港击败了会津藩的5000军队，打开了攻入北陆的通道，但眼看着后路不稳，也只得掉头回师，返回京畿战场，并且在12月初抵达大阪前线，对城内的旧幕府军展开猛攻。
——按照岛津怒志的设想，单凭他的一支孤军，根本无法应付两个方向的敌人。必须抓紧时间，在关东来敌和大阪残军会合之前，设法解决其中的一路，然后才有可能继续周旋下去。
结果，在激烈的攻防之中，指挥大阪城防御战的旧幕府首席老中三井银次，不幸被手榴弹炸死。守军一时间陷入混乱，连续丢失了多处城防要地。幸亏巨熊军团走海路及时赶到，总算是没有让这座港口丢失。
看到大阪城得到了外援，岛津怒志也只得率军暂时后退，继续与大阪城内的守军对峙。但接下来的几天里，萨摩军的辐射病终于发作，上至藩主岛津怒志，下至苦力和小厮，凡是走过那扇伪劣传送门的家伙，全都浑身流脓，极其痛苦地死于非命——京都朝廷的最后一支野战兵力，至此毁灭殆尽。
两万萨摩军在大阪城下的自行毁灭，也意味着京都朝廷方面那个气势恢宏的三路东征计划，就此宣告了彻底破产。从北到南号称四十万人，实际总数也超过十万人的三路兵马，在短短一个月的时间内，便已经尽数覆灭。对于新近起兵，掌权不足半年的京都朝廷而言，简直就像是被打断了脊梁骨一般。
到了这个地步，仁孝天皇发现京都已经是外无救兵，内无军械粮草，更没有拿得出手的将才，连龙巫教援助的西洋军械，也都被公卿们拿去盗卖了。除了一堆不能吃不能用的金银财宝，外加区区4000连刀枪都配不齐的杂牌兵马，几乎是什么能用来打仗的本钱都没有。
垂死挣扎之下，仁孝天皇把最后的希望，寄托在了一位刚刚带着300亲信勇士来到京都附近的虾夷“义军”首领北条氏彦身上，给他封了个京都守护的职位，希望北条氏彦能够带领300私兵外加朝廷拨付的2000老弱兵马，前去驻守京都郊外的要塞伏见城，为朝廷争取一段向外藩求援的时间。
但问题是，公卿们既不识时务，又严重脑瘫，似乎是打着临死捞一票的主意，非但不肯给北条氏彦拨付军械和军粮，竟然还反过来对这位“乱世忠臣”勒索大笔贿赂——这种一边要人卖命还一边刮人油水的荒诞行径，当即就让北条氏彦气得大骂：“连军饷都不见一文，谁来给你卖命啊！”什么效忠天皇的心思都熄了个干净。
12月11日黄昏，已经接手帝国远东军全权的菲里，率领30000士兵进抵伏见城下，次日清晨，北条氏彦便绑了监军“长跑能手”藤原梅竹，率领全部人马向东军倒戈，伏见城至此不战而下。
17.仁孝天皇之死
随着伏见城的倒戈，京都城内仅剩下长州藩的2000奇兵队，再也没有了抵抗的能力。